Wydarzenia rozgrywają się w alternatywnym świecie w XX wieku. Głównymi bohaterami są dwaj bracia – starszy Edward Elric i młodszy Alphonse Elric. Obaj pasjonują się alchemią, formą nauki, która wymaga dużej wiedzy i zdolności. Pewnego dnia ich matka Trisha umiera. Bracia nie mogąc pogodzić się z utratą bliskiej im osoby, postanawiają przywrócić ją do życia za pomocą alchemii. Łamią wiec tabu i przeprowadzają transmutację. Wyniki ich działań okazują się tragiczne. Alphonse traci swoje ciało, a Edward lewą nogę. Ostatkiem sił starszemu bratu udaje się poświęcić prawą rękę i wiąże duszę swojego brata ze starą zbroją. Od tego czasu głównym zadaniem Eda i Ala jest odnalezienie kamienia filozoficznego, zwiększającego możliwości alchemii i tym samym przywrócenie utraconych ciał.